Khí hậu lưu vực hồ cũng như các vùng khác ở Việt Nam nói chung là có một mùa khô với lượng mưa thấp hơn lượng nước bốc hơi và một mùa mưa thừa nước. Đặc điểm riêng là do có vị trí giáp biển nên nhiệt độ, độ ẩm thấp hơn các nơi có cùng vĩ độ nhưng nằm sâu trong nội địa. Ngược lại vùng này chịu ảnh hưởng của bão với tốc độ gió lớn, lượng mưa khá cao.

Ngày 25/1/2018, các nhà khoa học thuộc Chương trình Bảo tồn Rùa châu Á (ATP) phát hiện một cá thể rùa được cho là cùng loài với rùa Hoàn Kiếm, trước đó dân địa phương cũng thường bắt gặp các cá thể rùa có kích thước lớn tại đây.[3]

Diện tích rừng phòng hộ lớn của Hồ Yên Lập hiện đang bị người dân chặt phá hoặc cải tạo trái phép làm lâm nghiệp và nông nghiệp, việc sử dụng các hóa chất độc hại phục vụ nông nghiệp dẫn đến nguy cơ ảnh hưởng đến chất lượng nguồn nước.[4]